环境科学与工程是安徽工程大学第一批重点建设学科， 2006 年获批环境工程二级学科硕士点，2011年教育部批准设立环境科学与工程一级学科硕士点，具备本科—硕士较为完善的阶梯式人才培养体系。本学科拥有“环境工程省级特色专业”、“省级卓越环境工程师”和“省级专业综合改革试点”等学科平台及多个环保企业共建科研平台。

本硕士点现有专任教师30人，拥有博士生导师2人，硕士生导师12人，教授5人，博士26人。其中包括教育部新世纪优秀人才计划1名；中科院百人计划、皖江学者特聘教授1名。 

近5年来，本硕士点承担包括国家自然科学基金、省部级纵向科研项目20多项及企业科技服务项目30多项，发表科研论文110余篇，其中SCI /EI检索30篇；申请发明专利20多项，授权发明专利17项，取得安徽省科学技术奖二等奖2项。